In St. Nikolai befinden sich drei Orgeln aus unterschiedlichen Zeiten und für unterschiedliche Zwecke.

Die große Orgel ist 1841 von Carl August Buchholz erbaut worden und hat 56 Register auf drei Manualen und Pedal. Sie dient vor allem für Konzerte und Gottesdienste. Ihre Temperatur ist gleichschwebend bei a'=430 Hz. (Preussischer Kammerton Mitte des 19. Jh.).

Die Chororgel an der Südseite des Hohen Chores ist 1986 von der Firma Alexander Schuke erbaut worden und hat 21 Register auf zwei Manualen und Pedal. Für Gottesdienste im Hohen Chor und für Unterrichtszwecke ist sie bestens geeignet. Da ihre Stimmtonhöhe dem heutigen Kammerton entspricht, wird sie auch häufig zu Begleitzwecken eingesetzt. Temperatur: modifiziert (nach Francesco Antonio Vallotti).

Die Kleinorgel im Hohen Chor stammt von Reinhard Schmeisser aus Rochlitz und wurde 1965 ursprünglich für das Bonhoefferhaus gebaut.